由于各种果汁中含糖量、有机酸的含量均较高，很适合酵母菌的生长繁殖，引起果汁的腐败变质。使用纳他霉素可以增加非酒精饮料的贮存稳定性。葡萄汁 应用20ppm的纳他霉素即可防止因酵母的污染而导致的果汁发酵，添加100 ppm可完全终止发酵活性。橙汁 由于在自然条件下受到真菌的污染，橙汁一般放置一周便会变坏，加入纳他霉素后，即使其剂量低至1.25ppm，存放在2℃～4℃下，保质期可长达8周。纳他霉素的抑菌效果与存放温度有一定的关系，10℃存放的浓缩橙汁，10ppm即可抑制其中的酵母生长；存放在室温下，则需 20ppm纳他霉素才有抑菌作用。 苹果汁 30ppm的纳他霉素，其防止苹果汁发酵的时间可长达6周之久，且果汁的原有风味绝无改变。番茄汁70 mg/kg浓度的 纳他霉素对番茄汁有很好的防霉保鲜效果。

其他

在年糕和馒头中的使用，可防止霉变，有效地延长货架期。在食醋等调味品中，使用的纳他霉素，可防止霉菌和酵母菌引起的变质。在啤酒、葡萄酒中，2.5mg/kg的纳他霉素可使保质期大大延长。此外,在酸奶中添加5～10ppm的纳他霉素，可以使产品的货架期延长4周以上。