习惯命名较简单，习用较久，但缺乏系统性又不甚合理，以致造成某些酶的名称混乱。如：肠激酶和肌激酶，从字面看，很似来源不同而作用相似的两种酶，实际上它们的作用方式截然不同。又比如：铜硫解酶和乙酰辅酶A转酰基酶实际上是同一种酶，但名称却完全不同。

鉴于上述情况和新发现的酶不断增加，为适应酶学发展的新情况，国际生化协会酶委员会推荐了一套系统的酶命名方案和分类方法，决定每一种酶应有系统名称和习惯名称。同时每一种酶有一个固定编号。

系统命名

酶的系统命名是以酶所催化的整体反应为基础的。

例如一种编号为“3.4.21.4”的胰蛋白酶，

个数字“3”表示水解酶；

第二个数字“4”表示它是蛋白酶水解肽键；

第三个数字“21”表示它是丝氨酸蛋白酶，活性位上有一重要的丝氨酸残基