水解蛋白质肽键的一类酶的总称。按其水解多肽的方式，可以将其分为内肽酶和外肽酶两类。内肽酶将蛋白质分子内部切断，形成分子量较小的月示和胨。外肽酶从蛋白质分子的游离氨基或羧基的末端逐个将肽键水解，而游离出氨基酸，前者为氨基肽酶后者为羧基肽酶。按其活性中心和最适pH值，又可将蛋白酶分为丝氨酸蛋白酶、巯基蛋白酶、金属蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶。按其反应的最适pH值，分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶和碱性蛋白酶。工业生产上应用的蛋白酶，主要是内肽酶胰蛋白酶能够催化蛋白质的特定肽键水解，这个催化过程是不需要能量的，不会使酶失去活力，也不会改变形状和使自身水解。底物与酶的活性中心的结合是可逆的，这种结合使得蛋白质特定肽键因弯曲变形而被活化，更易于受到水分子的攻击，分别形成氨基和羧基而断裂，得到小分子多肽或氨基酸。不同的蛋白酶可以作用在不同氨基酸相连组成的肽键，因此胰蛋白酶并不能作用在所有的肽键。