蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。食品工业(酱油酿造、制乳酪、制面包、点心、通心粉、肉类加工、酿酒、制蛋白水解物、脱腥、氨基酸调料、凝乳、嫩Chemicalbook肉粉等);日用化学工业(洗涤剂添加剂、牙膏、化妆品等)；皮革工业(脱毛、软皮)；制明胶；制胶原纤维；制药；处理废感光胶片；饲料工业、石油工业(脱蜡)等。

蛋白酶对其水解的肽键邻近的基团有一定的专一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分别要求其作用的肽键邻近有游离的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽键的羧基端为芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶则要求为碱性氨基酸(赖氨酸或精氨酸等)。酸性蛋白酶是指蛋白酶具有较低的最适pH，而不是指酸性基团存在于酶的活性部位，酸性蛋白酶的最适PH从2左右(胃蛋白酶)到4左右。从酶的活力-PH曲线分析，在酶的活性部位中含有一个或更多的羧基。这一类蛋白酶中研究最的是胃蛋白酶。