蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。食品工业(酱油酿造、制乳酪、制面包、点心、通心粉、肉类加工、酿酒、制蛋白水解物、脱腥、氨基酸调料、凝乳、嫩Chemicalbook肉粉等);日用化学工业(洗涤剂添加剂、牙膏、化妆品等)；皮革工业(脱毛、软皮)；制明胶；制胶原纤维；制药；处理废感光胶片；饲料工业、石油工业(脱蜡)等。

蛋白酶对其水解的肽键邻近的基团有一定的专一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分别要求其作用的肽键邻近有游离的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽键的羧基端为芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶则要求为碱性氨基酸(赖氨酸或精氨酸等)。按其对蛋白质作用部位的不同，又可分为内肽酶和外肽酶。按其作用最适pH值可分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分为巯基蛋白酶、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶，以及只能水解某一种或某两种氨基酸之间肽键的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等Chemicalbook。用途蛋白酶通常都是用发酵法制备的。其用途十分广泛。食品工业(酱油酿造、制乳酪、制面包、点心、通心粉、肉类加工、酿酒、制蛋白水解物、脱腥、氨基酸调料、凝乳、嫩肉粉等);日用化学工业(洗涤剂添加剂、牙膏、化妆品等)；皮革工业(脱毛、软皮)；制明胶；制胶原纤维；制药；处理废感光胶片；饲料工业、石油工业(脱蜡)等。