自20世纪80年代以来，人们逐渐了解了果寡糖的优良生理特性。1982年，日本明治糖果株式会社首先进行工业化生产果寡糖。1983年，Hidaka采用一般的食品组分生产工艺分离和研制了果寡糖。1988年，Hirayama等研究了黑曲霉中屁-呋喃果糖苷酶的性质，分离、提纯了该酶，并采用聚焦色谱法测定了该酶的纯度和等电点。1990年，Fujita得到了β-呋喃果糖苷糖的三个同工酶。

经过美国食品工艺师协会，应用现代科学研究反复测试得出结论，现代酶法工艺酶化蔗糖生产的低聚果糖的分子结构和保健功能，与天然存在于果蔬植物中的低聚果糖完全相同，是全天然的双歧因子。云南天元低聚果糖在1998年分别经中科院上海药物所和北京医科大学药学院进行分离后，进行了氢1和碳13核磁振的测定，根据测试所获谱峰结果证明，其分子结构与日本文献报道的GF2、GF3、GF4相同。