菊粉能大大提高Ca2+、Mg2+、Zn2+、Cu2+、 Fe2+等矿物质的吸收。据报道，青少年食用8 g/d（长和短链菊粉型果聚糖）分别8周和1年，结果发现，都提高Ca2+吸收，而且身体的骨骼矿物质含量和密度也增加。

菊粉促进矿物质元素吸收的主要机制是：1)菊粉在发酵生成的短链脂肪使其黏膜上的隐窝变浅，隐窝细胞增多从而增大了吸收面积，盲肠更发达。2)发酵所产生的酸降低pH，使得许多矿物质的溶解度、生物有效性得以提高，特别是短链脂肪酸可以刺激粘膜细胞的生长，提高肠黏膜的吸收能力；3)菊粉能促进一些微生物分泌植酸酶，植酸酶能使与植酸螯合的金属离子释放出来，促进其吸收。4)发酵生成的某些有机酸可与金属离子螯合，促进金属离子吸收。