壳聚糖的活性吸附中心是表面自由氨基，许多无机酸、有机酸和酸性化合物，甚至两性化合物，都能被壳聚糖吸附结合。壳聚糖吸附低浓度游离酸的过程遵循甲分子层机制进行。吸附速度随着吸附介质的介电常数的减小而减慢。壳聚糖一般不溶于碱，但当甲壳素在均相条件下脱乙酰基或者将高度脱乙酰化的壳聚糖在均相介质中进行乙酰化反应，当乙酰化度在50%左右时，获得的水溶性产物能溶于碱性条件。

壳聚糖由于分子内和分子间很强的氢键作用而具有规整的分子链和较好的结晶性能。壳聚糖按晶体结构可以分为。α晶型、β晶型和γ晶型三种，其中α晶型最为稳定，并在大自然中广泛存在。壳聚糖的α晶型、β晶型和γ晶型的存在形式不同。α晶型通常与矿物质沉积在一起，两条反向平行的糖链排列而组成α晶型，α晶型参与形成坚硬的外壳，组成紧密；β晶型和γ晶型通常与胶原蛋白相结合，两条平行的糖链排列组成β晶型；两条同向、一条反向且上下排列的三条糖链组成γ晶型。β晶型和γ晶型则表现出一定的硬度、柔韧性和流动性，而γ晶型甲壳素则可在乌贼的胃内形成厚上皮组织。