由于5-HTP的研究尚不够透彻，可能的副作用和药物交叉作用尚不很明确。但是，由于目前没有出现严重不良反应的报告，可以认为5-HTP在一定剂量下不会产生严重的不良反应。另一方面，由于上部血清素的快速形成，和是较常见的不良反应。有报道5-HTP可引起综合征（EMS）且病情较严重，导致的肌肉压痛、和血液异常。然而，有证据表明，EMS是由5-HTP补充剂污染物造成的。 此外，目前已被报道的药物交叉作用如下：

当与单胺氧化酶抑制剂或SSRI类药合并用药，5-HTP可导致急性羟色胺综合征 

当结合卡比多巴（如用于的），5-HTP易引起和；然而这可以通过服用格拉司琼。